ترتبط شعبة المكتبة في كلية الصيدلة بمكتب عميد الكلية، وتدير عدداً من الانشطة المكتبية منها مكتبة الكتب العلمية والمكتبة الإلكترونية، مكتبة الكتب العلمية تضم جناح الكتب وجناح الدوريات لجميع اختصاصات فروع الصيدلة بينما يضم جناح الدوريات الرسائل والأطاريح والمجلات العلمية، ويمكن إجمال الوصف الوظيفي لمهام المكتبة بالآتي:
1. فهرسة وتصنيف الكتب التي تصل الى مكتبة الكلية بعد عملية إدخالها بمستندات الادخال.
2. حفظ وتصنيف محتويات المكتبة بطريقة تسهل الوصول لها والتعامل معها لأجل تقديم التسهيلات لطلبة الدراسات الأولية والعليا والباحثين وتمكينهم من اكمال بحوثهم عن طريق إتاحة الفرصة لهم للاطلاع على المصادر المتوفرة لدى المكتبة واستعارتها.
3. نسخ البحوث والرسائل والأطاريح على أقراص وحفظها للاستفادة منها من قبل الطلبة في سبيل تطوير المكتبة الإلكترونية.
4. توفر للباحثين والتدريسيين والطلبة ما يحتاجوه من كتب وبحوث ورسائل وأطاريح ومجلات ودوريات علمية.
5. إعارة الكتب والدوريات وكافة المصادر الحديثة للمستفيدين من طلبة الدراسات الاولية والعليا.
6. متابعة تواريخ الاستعارة وأشعار المتأخرين للإيفاء بموعد أعادة المصادر.
7. عمل الجرد السنوي للكتب والمراجع.
8. صيانة ممتلكات المكتبة ومحتوياتها وادامة موجوداتها بما يخدم تحقيق اهدافها الخدمية للطلبة والباحثين والتدريسيين.